鼻咽拭子相对口咽拭子有以下几个优点：1．可以在咽部停留较长的时间，以便获得更足量的标本；2．患者耐受性好，熟练操作后基本可以在不麻醉的情况下取样，但初学时可先进行鼻腔粘膜的表面麻醉和收缩；3．取样者的暴露风险相对口咽拭子更低。
咽部分区包括鼻咽、口咽、喉咽，三者的黏膜是连续的，均属于上呼吸道的区域，鼻咽拭子和口咽拭子只是取样的路径不一样，经口取样是口咽拭子，经鼻取样为鼻咽拭子。但由于口咽拭子张口就能进行操作，相对简单，因此临床上比较常用，但取样者暴露的风险更高。
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